為保障納稅義務人權利，依財政部１０４年６月１１日台財稅字第１０４０４５１２７８０號令釋，稅務違章案件裁罰金額或倍數參考表變更，如不利於納稅義務人，對變更前應裁處而未裁處及已裁處尚未確定之罰鍰案件，不適用之，新修稅捐稽徵法施行細則第３條規定爰予定明。又配合稅捐稽徵法第６條第２項增訂法院、行政執行分署執行拍賣或變賣貨物應課徵之營業稅優先於債權及抵押權，新修細則第４條定明優先受償之適用範圍。
財政部指出，參考稅捐稽徵法第２１條第３項第１款規定之立法說明，新修稅捐稽徵法施行細則第８條第２項定明「行政救濟尚未終結」定義，以資明確。另為使義務人知悉行政處分內容，並保障其行政救濟權利，參考同法第２４條第３項第１款規定、財政部１０４年３月２５日台財稅字第１０３０４０４４１８０號令釋，新修細則第９條定明，稅捐稽徵機關通知有關機關就義務人財產為禁止處分登記時，同時以書面敘明理由並附記救濟程序通知義務人。
配合稅捐稽徵法第３５條第１項第４款依同法第１９條第４項或各稅法規定，以公告代替核定稅額通知書之填具及送達案件申請復查期間規定，新修稅捐稽徵法施行細則第１０條第３項規定，欠繳稅捐義務人得辦理退稅抵欠時點。本法第４８條第１項及第２項所稱租稅優惠，係依稅捐稽徵機關辦理稅捐稽徵法第四十八條規定停止並追回租稅優惠待遇作業原則第２點規定認定，新修細則第１５條予以定明。又為明確同法第４９條之１第２項第２款、第３款所稱執行稅賦查核人員及公務員定義，新修細則第１６條加以定明。